NetCommons2：携帯でサイトを見ると、PCメニューで非表示のページが見えてしまいます。対応する方法はありますか？

はい、下記で対応できます。

管理者等の強い権限（システム管理者）でログインして頂き、

　（画面上部）管理＞モバイル管理＞（タブ）メニュー設定　画面の「表示メニュー設定」

から携帯用メニューの設定ができます。