<script>エラーについて

システム管理者に<script>タグの使用許可を与えて、<script>タグを使用しています。

WYSIWYGエディタで<script></script>タグを使用すると、’<![CDATA[’　’]]>’が自動挿入されます。丁寧に ’//’（コメントアウト）されます。しかし、このコメントアウトがくせもので、

</script>の行が  ’// ]]></script>’  となってしまうため、Uncaught SyntaxError: Unexpected end of input というエラーが出ます。

// ]]>の後ろに改行を入れたいのですが、どこを直したらいいのでしょうか。どなたか教えてください。